Né le 9 février 1924 à Sabang, sur l'île de Sumatra (Indes néerlandaises, aujourd'hui Indonésie), Anton Heyboer rejoint les Pays-Bas avec sa famille durant son enfance.

La Seconde Guerre mondiale marque profondément sa vie. Mobilisé dans l'armée néerlandaise, il est fait prisonnier par les Allemands. Cette expérience nourrit une réflexion existentielle qui imprègnera toute son œuvre.

Après la guerre, il étudie brièvement à l'Académie royale des Beaux-Arts de La Haye avant de choisir une voie totalement indépendante. À partir des années 1950, il développe un langage graphique unique fait de réseaux de lignes, de signes, de personnages schématiques et de symboles inspirés autant par les émotions humaines que par une pensée quasi philosophique.

Au cœur de son travail se trouve sa théorie des « cinq systèmes », selon laquelle les relations humaines et les émotions peuvent être comprises à travers des structures fondamentales. Cette vision donne naissance à une iconographie très personnelle où se croisent écritures, diagrammes, silhouettes et formes organiques.

À partir des années 1960, Anton Heyboer acquiert une renommée internationale grâce à ses gravures, aujourd'hui considérées parmi les plus importantes de l'art néerlandais contemporain. Son atelier de Den Ilp devient un lieu atypique où il mène une vie volontairement marginale, refusant les codes du marché de l'art et revendiquant une existence libre, en harmonie avec sa pensée.

Ses œuvres mêlent constamment dessin, peinture, gravure, collage et écriture. Bien que souvent rapproché de l'art brut, Heyboer demeure inclassable : son travail conjugue spontanéité, réflexion philosophique et recherche graphique dans un langage immédiatement identifiable.

Décédé le 9 avril 2005 à Den Ilp, il laisse une œuvre abondante, aujourd'hui conservée dans de nombreux musées néerlandais et européens.